İstanbul 29 Mayıs Üniversitesi 2010-2011 Akademik Eğitim Yılı Açılışı düzenlenen törenle yapıldı. Törene Cumhurbaşkanı Abdullah Gül, Devlet Bakanı Faruk Çelik, çok sayıda akademisyen, öğrenci ve velileri katıldı. Törende konuşan Cumhurbaşkanı Abdullah Gül, İstanbul 29 Mayıs Üniversitesi'nin önemine işaret etti. Üniversitenin Türk Diyanet Vakfı ve İslam Araştırmaları Merkezi'nin ortak ürünü olduğuna işaret eden Gül, "Bu üniversitenin Türk eğitimi ve kültür hayatına yeni bir soluk, yeni bir nefes getireceğine eminim. Kadrosu hazır, altyapısı hazır. Bir üniversitenin üniversite olabilmesi, bir kaç kişinin öncülüğünde olmaz. Muhakkak güçlü bir kadrosu ve birikimi olması lazım. Bu iki şey de bu üniversitede var. Bu üniversitenin geleceğine çok eminim ve parlak olacağına inanıyorum." diye konuştu.
Tüm üniversitelerin kendine has özellikleri olduğunu belirten Cumhurbaşkanı Abdullah Gül, bu alanın tarih, kültür, din bilimleri gibi farklı yönlerde olabileceğini belirtti. Dünyanın en büyük üniversitelerine bakıldığında aslında teoloji çıkışlı olduklarını belirten Cumhurbaşkanı Abdullah Gül, "Daha sonra bu üniversiteler gelişe gelişe bu gün başka alanlarda teknolojide, tıpta, diğer sosyal dallarda, sanat alanlarında dünyanın en seçkin üniversiteleri arasına girmiştir." diye konuştu. 29 Mayıs Üniversitesi'nin de bu büyük üniversiteler gibi geçmişe sahip olduğunu olduğunu aktaran Cumhurbaşkanı Gül, üniversitenin bu avantajını iyi kullanması gerektiğini belirtti.
Üniversitelerin her geçen gün çoğaldığına ve hepsinin ayrı özellikleri bulunduğuna dikkat çeken Gül, eskiden sadece devlet üniversitesi bulunduğunu şimdi ise iki farklı yapı olduğunu belirtti. Sadece devlet üniversiteleri bulunduğu dönemde sistemden dolayı üniversitelerin atılım yapamadığını vurgulayan Gül, "Hatta bu yanlışlık şuradan da ileri geliyordu. Aynı kural bütün devlet üniversitelerinde aynı şekilde tatbik ediliyordu. İstanbul Üniversitesi, Boğaziçi Üniversitesi, Ortadoğu Teknik Üniversitesi, Anadolu'da kurulmuş yeni üniversitelerde kurallar aynı oluyordu. Bu Türk üniversitelerini içe kapalı hale getiriyordu ve hamle yapmasını önlüyordu. Bunun biraz esnetildiğini görüyorum ve teşvik ediyorum. Muhakkak yeni bir üniversite sistemi Türkiye'ye gelmesi gerekir. YÖK konunu bunlar çok ciddi bir şekilde yenilenmesi gerekir." diye konuştu.
Türkiye'de vakıf üniversitelerinin yüksek öğretime büyük bir heyecan getirdiğini anlatan Cumhurbaşkanı Gül, vakıf üniversitelerinin yeni bir kaynak oluşturduğunu ve dolayısıyla ciddi bir rekabet yaşandığını dile getirdi. Gül, bu rekabetin sadece Türkiye üniversitelerinin kendi arasında değil, Türk üniversitelerinin dünya üniversiteleri arasında da görüldüğünü aktardı.
